Pesantren Sirojuth Tholibiin Sidomukti dengan pengasuh  Ky. Ahmad Masduqi Al Jabalani telah banyak memberi pengaruh dalam berbagai aspek kehidupan santri putra dan  santri putri dengan pembelajaran nonformal ala pesantren yang dipimpin kepala pondok pesantren Ky. Supriono Karsad, selalu ditempa dengan pembelajaran kitab- kitab klasik. Santri yang berasal dari kawasan kecamatan Mootilango, Boliyohuto, Tolangohula, Bilato dan Asparaga bahkan luar daerah Provinsi Gorontalo yang selalu bertambah setiap tahun, menuntut pemikiran pengembangan pengetahuan kejenjang pendirian lembaga pendidikan. Penyerapan akulturasi dari beberapa tokoh  NU dan  pengurus Pesantren Sirojuth Tholibiin Sidomukti ingin menjelmakan lembaga pendidikan madrasah stanawiyah. Pemikiran ini  direspon serta mendapat restu dari Ky. H. Harun Syafi’i selaku guru dan pengasuh pesantren Ky. Ahmad Masduqi Al Jabalani, Ky. Nuraini, dan Ky. Supriono Karsad, kala mondok di Pesantren Sirojuth Tholibiin Bacem Kec. Sutojayan Kab. Blitar Jawa Timur.

Tahun 2016 Buah pemikiran ini tersebar luas hingga mengakar pada  jamaah yang sebagian adalah orang tua yang anaknya sedang menempuh pendidikan nonformal di Pesantren Sirojuth Tholibiin Sidomukti. Pemikiran ini muncul, dikarenakan lembaga pendidikan memberikan warna tersendiri. dengan media pendidikan dimadrasah akan ada kesetaraan antara pengetahuan  imtaq dan iptek. hingga pada waktu itu ada istilah “Kekuatan Jamaah” yang mempunyai keandilan besar dalam mendukung berdirinya suatu lembaga yang bergerak dalam pendidikan formal. Dukungan terhadap pembangunan madrasah dimaksud meyeimbangi pengetahuan nonformal santri di pesantren dan pengetahuan pendidikan madrasah sehingga dapat mengembangkan pengetahuan ilmiyah dengan perkembangan teknologi santri dalam bidang sejarah, budaya, kesenian dan pendidikan.

Tepat pada hari patrotik gorontalo tanggal  23 januari 2016, pengurus yayasan  mengadakan pertemuan dengan tokoh -tokoh NU serta lapisan masyarakat membahas nama madrasah tsanawiyah sekaligus. Dari hasil pertemuan itu telah disepakti bersama antara pihak Yayasan Sirojuth Tholibiin Sidomukti dan para tokoh nama madrasah adalah “MTs SIROJUTH THOLIBIIN SIDOMUKTI MOOTILANGO” yang disamakan dengan nama pondok pesantren dan yayasan agar membentuk kesatuan dan kekuatan yang utuh. Dari pertemuan itu, terbentuk tim pendirian madrasah yang di ketuai oleh Mohammad Afandy S. Pd dengan anggota– anggota Jumaluddin S.Pd, Yatminto Tumijan S.Pt, Nuruddin S.P, Ramli K. Baderan S.H, Julvikram Supandi S. Kom. Penyebar luasan berita tentang pembangunan madrasah tentunya secara halus tersebar pada tokoh- tokoh NU  sehingga membuat orang- orang simpatik dan tertarik.  Berkat kerja keras pihak yayasan dan tim pendiri madrasah Tepat pada tanggal 26 oktober 2016 peletakan batu pertama pembangunan pendirian madrasah  tsanawiyah sirojuth tholibiin oleh  Ky. H. Harun Syafi’i.

Berdirinya lembaga Dengan nama Yayasan Sirojuth Tholibiin Sidomukti tahun 2016 yang mendaptkan kekuatan hukum setahun sesudahnya. sebagai keseriusan langkah awal berdirinya lembaga pendidikan madrasasah tsanawiyah. Dengan kesepakatan para tokoh NU dan para jamah, yayasan ini ketuai oleh Ky. Nuraini dengan bukti akta notaries yayasan  pada tanggal 12 jauari tahun 2017 serta, Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Tentang Pengesahan Pendirian Badan Hukum Yayasan Sirojuth Tholibiin Sidomukti ditetapkan di Jakarta 13 januari 2017, oleh direktur jendral administrasi hukum Dr. Freddy Harris, S.H,LL. M, Accs.

 Kepercayaan yang diberikan kepada ketua tim pendiri madrasah oleh yayasan Moh Afandi diangkat oleh yayasan sirojuth tholibiin sidomukti sebagai kepala madrasah tsanawiyah sirojuth tholibiin sidomukti kemudian lima bulan kemudian digantikan oleh Jumaluddin S.Pd. 21 juni 2017 pertama kali penerimaan siswa madrasah stanawiyah sirojuth tholibiin sidomukti, Delapan bulan setelah Pembangunan madrasah  yang dimulai tanggal 26 oktober 2016 dengan bangunan empat kelas  dibuka. Beriringan dengan itu tim pendirian madrasah tsanwiyah sirojuth tholibiin sidomukti terus berupaya mengurus penetapan izin pendirian madrasah sebagai upaya meningkatkan akses pendidikan madrasah yang bermutu untuk meyelenggarakan madrasah dengan standar  pendidikan nasional menuai hasil dengan dikeluarkannya keputusan yang ditandatangani pada tanggal 5 maret 2019 oleh H. Kuadrat Dukalang S. Ag, M.Pd selaku kepala kantor wilayah kementrian agama provinsi gorontalo nomor 121 tahun 2019 tentang penetapan izin pendirian madrasah tsanwiyah sirojuth tholibiin sidomukti mootilango.